Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Anabilim Dalı'nda doktora programı 1967-68 eğitim-öğretim yılında başlamıştır. Bu programı tamamlayan mezunlar, fizyoterapi ve rehabilitasyonun çeşitli özelleşmiş alanlarında özgün bir araştırmayı bağımsız olarak yürütebilir, bilimsel olayları geniş ve derin bir bakış açısı ile irdeleyerek yorum yapabilir ve yeni yöntem ve uygulamalara ulaşmak için gerekli adımları belirler. Eğitim ve araştırmalarda edindiği üst düzey becerilerini ulusal ve uluslararası klinik ve akademik çalışmalarına taşıyabilir. Fizyoterapi ve rehabilitasyon doktora mezunları “doktora” derecesi alarak mezun olmaktadırlar. Bu programın amacı, fizyoterapi ve rehabilitasyon alanında eğitim, araştırma ve uygulama konularında evrensel düzeyde bilim insanı niteliklerini taşıyan, toplumun değişik sağlık gereksinimlerine göre fizyoterapi ve rehabilitasyonun özel alanlarında üst düzeyde uygulama yapabilen, özgün bir araştırma planlayıp bağımsız yürütebilen, elde ettiği yeni bilgileri bilimin ve insanlığın yararına sunabilen, konusunda ulusal politikalara katkı verebilen, ulusal ve uluslar arası ölçekte bilgili, aydın, yeterli ve yetkin doktora” derecesi alan fizyoterapistler yetiştirmektir. Bu programı tamamlayan mezunlar, bağımsız olarak Fizyoterapi rehabilitasyon alanına özel bir araştırma yapabilir, bilimsel olayları daha geniş ve derin bir bakış açısıyla yorumlayabilir ve yeni yöntem ve uygulamalara erişmek için atılması gereken adımları belirleyebilir. Eğitim ve araştırma alanında edindiği üst düzey becerileri ulusal ve uluslararası klinik ve akademik çalışmalarına taşıyabilir. Mezunlar, araştırma görevlileri, fizyoterapistler, diğer alanlarda çalışan ihtiyacı olan kişiler ve topluma eğitim veren kişilerdir. Bu program mezunları yaşam boyu öğrenmeyi ilke edinir. Fizyoterapi rehabilitasyon doktora mezunları, sağlıklı bireylerde koruyucu amaçlarla ilgili konuya olan ihtiyacı belirleyerek, yetkin ve etkili programlar oluşturan ve uygulayan programlar geliştirebilen ve toplum sağlığını geliştirebilen kişilerdir. Bu programda Fizyoterapi ve rehabilitasyona özelleşmiş alanlarda klinik ve akademik çalışmalarını uzmanlık düzeyinde yürütebilen, araştırma-proje geliştirebilen, ekip içinde rol alabilen, bilimsel ve teknolojik gelişimlere uyum gösterebilen, eğitim ve sağlık politikalarına katkı sağlayacak yenilikçi, girişimci fizyoterapistler yetiştirilmektedir.